1998年7月长春市政府批准成立了轨道交通建设的项目法人单位长春市轨道交通有限责任公司，2009年更名为长春市轨道交通集团有限公司，企业性质为国有独资，注册资本为28.9629亿元，经营范围为轨道交通建设、经营和管理。同时注册成立了长春市地铁有限责任公司，注册资本为25.3亿元。2013年12月31日正式变更为集团下属子公司。集团现有正式员工3200名。
公司设置了党委办公室、办公室、纪检监察室、工会办公室、融资开发办公室、档案室、人力资源部、财务部、审计部、运营事业部、安全保卫部、企业管理部、工程管理部、工程安全质量监督管理部、计划部、总工办、材料供应部、设备部、工程前期工作部、总务部、工程收尾办等23个部室，下设房地产公司、广告公司、供热公司、物业公司、机电公司、建安公司、运营一公司、运营二公司、运营三公司、运营四公司、冀东混凝土公司、预制构件公司等13个分、子公司。
于2014年上半年进行了组织机构调整，原运营一公司更名为运营三公司，运营二公司更名为运营四公司；撤销董事会办公室与地铁办公室；新增融资开发办公室，档案室，运营一公司，二公司，机关党总支部、预制构件公司。调整后，集团公司共有机构36个。其中机关职能部门23个，分公司5个，子公司8个。